Se ha completado la secuencia completa del genoma humano de los dos cromosomas X y los autosomas de la línea celular derivada de tejido femenino. Esto incluye el 8% de la secuencia del genoma que faltaba en el borrador original que se publicó en 2001.
El libro Genoma humano El Consorcio Telómero a Telómero (T3.055T) ha revelado la secuencia completa de los 2 millones de pares de bases. Esto representa la mayor mejora del genoma de referencia humano lanzado en 2001 por Celera Genomics y el Consorcio Internacional de Secuenciación del Genoma Humano. Esa secuencia del genoma cubrió la mayoría de las regiones eucromáticas y dejó de lado las regiones de heterocromatina o una representación errónea. Estas regiones comprenden el 8% del genoma humano finalmente revelado. La nueva referencia T2T-CHM131 incluye la secuencia completa para los 22 autosomas más el cromosoma X. Esta nueva secuencia de referencia también ha corregido numerosos errores y ha agregado aproximadamente 200 millones de pb de nuevas secuencias que contienen 2,226 copias de genes, de las cuales se prevé que 115 sean codificantes de proteínas.
El genoma de referencia actual GRCh38.p13 ha sido el resultado de dos actualizaciones importantes, una en 2013 y la otra en 2019 en la secuencia del genoma de Celera de 2001. Sin embargo, todavía tenía 151 millones de pares de bases de secuencia desconocida distribuidos por todo el genoma, incluidas las regiones pericentroméricas y sub teloméricas, duplicaciones, matrices de genes y ADN ribosómico (rDNA), todos los cuales son necesarios para los procesos celulares fundamentales. La nueva referencia ha sido nombrada como T2T-CHM13 ya que proviene de la secuenciación del ADN de la línea celular CHM13 (Complete Hydatiform Mole) y es realizada por el consorcio T2T. La línea celular se deriva de un óvulo fecundado anormal o un crecimiento excesivo de tejido de la placenta en el que la mujer parece estar embarazada (embarazo falso), por lo que la secuencia representa solo los dos cromosomas X y los autosomas de la hembra. Se han utilizado múltiples tecnologías de secuencia, como los secuenciadores PacBio, Oxford Nanopore, 100X y 70X Illumina, por nombrar algunos. Los avances tecnológicos en secuenciación han llevado a la secuenciación del 8% restante como se mencionó anteriormente.
La única limitación de la secuencia T2T-CHM13 es la falta de un cromosoma Y. Esta secuenciación está actualmente en curso, utilizando el ADN de la línea celular HG002, que tiene un 46 (23 pares) con un cariotipo XY. Luego, la secuencia se ensamblará utilizando los mismos métodos desarrollados para el genoma homocigótico de CHM13.
La disponibilidad de T2T-CHM13 como nueva referencia genoma, representa un gran avance que ayudará a comprender el papel de las regiones de heterocromatina y ayudará a comprender sus efectos en los procesos celulares con mayor detalle. Hasta que se complete la secuenciación del cromosoma Y, este servirá como genoma de referencia para futuros estudios en la comprensión de los procesos y funciones celulares.
***
Referencias
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A y col. La secuencia completa de un genoma humano bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
